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宁德市富发水产有限公司完成染色体级别的大黄鱼基因组序列图谱绘制

时间:2019年01月21日 信息来源:富发新闻 点击:

        日前,宁德市富发水产有限公司和厦门大学徐鹏教授团队合作,利用第三代基因组测序技术和高通量染色体构象捕获测序技术,结合高密度遗传连锁图谱,完成了染色体级别的大黄鱼基因组序列图谱的精确绘制,为正在进行中的“大黄鱼基因组育种计划”提供了高质量高精度的大黄鱼参考基因组。

        本次完成绘制的大黄鱼基因组序列图谱共包含24条染色体序列,覆盖了7.2亿碱基对,contig N50长度为283万碱基,染色体整合效率高达93%。新基因组中共包含23323个蛋白编码基因、2517个非编码RNA及总长度超过1.89亿碱基的重复元件。与近几年完成的数个大黄鱼基因组序列图谱相比,新版本基因组在序列一致性、完整性、准确性等方面均有了显著提高。依托该高精度染色体序列图谱,国重室多个研究团队目前正在有条不紊地开展中国沿海大黄鱼野生种质资源鉴定和遗传评价、大黄鱼基因组遗传变异位点挖掘、大黄鱼基因组育种芯片研发、基因组选择育种体系构建等研究工作。

        大黄鱼曾经是我国东南沿海地区最重要的渔业捕捞对象之一,一度位列我国东海渔业资源的“旗舰物种”。在上个世纪七十年代大黄鱼渔业资源迅速衰竭后,福建省宁德市于九十年代成功实现了大黄鱼人工繁殖和养殖,大黄鱼养殖产业迅速崛起,近年来已经形成年产量近18万吨的养殖规模,位列我国海水鱼类养殖产业之首,带动了我国海水鱼类人工养殖的浪潮,成为我国“以养代捕”的典范。

        大黄鱼产业的健康和可持续发展,离不开大黄鱼种质创新和优良养殖新品种培育。选育优质、高产、抗逆、抗病的大黄鱼养殖新品种,全面提升养殖大黄鱼产业的良种化比例,为大黄鱼养殖产业的健康和可持续发展提供种业保障,是大黄鱼养殖产业面临的重大需求。为此,大黄鱼育种国家重点实验室与闽浙两省多家科研团队密切合作,依托国家海水鱼产业技术体系宁德综合试验站、大黄鱼国家级原种场、大黄鱼种质资源活体库等优势条件平台,发起了“大黄鱼基因组育种计划”,旨在选育优质、高产、抗逆、抗病的大黄鱼养殖新品种,全面提高大黄鱼养殖产业的良种化水平。此次高精度大黄鱼基因组序列图谱的成功绘制,为在全基因组尺度上开展大黄鱼良种选育,加快大黄鱼种业创新工作步伐奠定了重要基础。

        为了提高新版本大黄鱼基因组序列图谱的利用效率,促进大黄鱼产业科技创新,营造开放共享和互惠共赢的创新创业氛围,充分发挥大黄鱼育种国家重点实验室的产业科技创新高地和技术攻关桥头堡的作用,大黄鱼国重室决定向全社会开放共享新版大黄鱼基因组序列图谱和相关数据资源,国内外同行可以访问https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_003845795.1/下载有关数据。

宁德市富发水产有限公司完成染色体级别的大黄鱼基因组序列图谱绘制

大黄鱼染色体级别基因组序列图谱